A principio de los años 80, un grupo de Pastores de las Comunidades evangélicas de la ciudad de Zaragoza acordaron fomentar entre ellos la relación de cooperación y constituyeron una agrupación de Pastores evangélicos que más adelante se transformó en el Consejo Pastoral de Zaragoza, órgano que les permitía planificar actividades comunes y, al mismo tiempo, facilitaba una voz unitaria y representativa ante las instancias y los organismos oficiales. Años después, en una coyuntura diferente, este Consejo Pastoral se propuso unos objetivos más amplios, transformándose en el año 2003 en el Consejo Evangélico de Aragón, plataforma donde se encuentran actualmente las Confesiones evangélicas.
La estructuración del Estado en Comunidades Autónomas hizo aconsejable la creación de un organismo evangélico dependiente de la Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España (FEREDE) que, en armonía con la misma y de acuerdo con las normas que regulaban la Cooperación del Estado con la FEREDE (Ley 24/1992 y disposiciones complementarias) facilitasen el desarrollo de los Acuerdos de Cooperación a nivel Autonómico y sirviese de instrumento aglutinador de los recursos y esfuerzos de las Iglesias e Instituciones Evangélicas en aras de un ministerio más eficaz hacia la sociedad y de una mejor defensa de sus derechos dentro del marco de la Comunidad Autónoma de Aragón.
El Consejo Evangélico de Aragón surgió, pues, velando por el efectivo desarrollo de los derechos de libertad religiosa, promoviendo la defensa de los mismos ante las instancias y con los medios que en cada momento fueran oportunos, y promocionando cuantas actividades fuesen de interés para la divulgación, defensa y confirmación de la fe y cultura evangélicas que contribuyesen a la paz y el bien de la sociedad.
El Consejo Evangélico de Aragón aglutina a las Familias Eclesiales y Comunidades Evangélicas más representativas. Funciona de manera democrática y participativa mediante una Asamblea General en la que se toman las decisiones que afectan al conjunto de las Comunidades y una Junta directiva que tiene un carácter más ejecutivo. El Consejo organiza actividades para el conjunto de las Iglesias Evangélicas en las que existe una masiva participación, como la Semana de Oración Unida, el Día de la Reforma Protestante y otras.